1. Керівництво
2. Директорат стратегічного планування та євроінтеграції (тел.: +380 44 200 07 83)
3. Директорат медичних послуг (тел.: +380 44 254 06 52)
4. Директорат громадського здоров’я (тел.: +380 44 253 07 13)
5. Фармацевтичний директорат
6. Директорат науки, інновацій, освіти та кадрів (тел.: +380 44 253 72 54, +380 44 253 78 64, +380 44 253 45 69, +380 44 253 24 44)
7. Служба Державного секретаря (самостійний сектор), (тел.: +380 44 200 06 73)
8. Медичний департамент
9. Департамент з фінансово-економічних питань, бухгалтерського обліку та фінансової звітності
10. Департамент управління персоналом
11. Управління громадського здоров’я
12. Управління координації центрів реформ
13. Управління правового забезпечення
14. Управління аудиту та аналітики
15. Управління організаційного забезпечення роботи апарату
16. Управління ліцензування та контролю якості надання медичної допомоги
17. Управління фармацевтичної діяльності та якості фармацевтичної продукції
18. Управління екстренної медичної допомоги та медицини катастроф
19. Управління організації роботи керівництва Міністерства
20. Відділ з питань міжнародної діяльності та Євроінтеграції (тел.: +380 44 253 61 65)
21. Відділ забезпечення взаємодії з державними органами та громадськістю і соціального діалогу (тел.: +380 44 253 92 81, +380 44 253 07 85, +380 44 253 82 18)
22. Відділ інформаційних технологій, охорони праці та матеріально-технічного забезпечення (тел.: +380 44 253 49 32)
23. Сектор мобілізаційної роботи та цивільного захисту (тел.: +380 44 253 72 14)
24. Режимно-секретний сектор (тел.: +380 44 253 48 04)
25. Сектор оцінки та усунення корупційних ризиків (тел.: +380 44 200 06 71)
26. Патронатна служба Міністра (самостійний сектор)